查看分析过程与结果

智能体任务可能依次进行资料检索、文件处理、计算工具调用和结果汇总。回复页面会保留这些中间过程，并在末尾给出最终回答。本页以“PD-L1 与 BMS-202 的双工具分子对接分析”实际任务为例，介绍页面中可以展开、查看、下载或继续操作的内容。

示例范围

示例使用 AutoDock Vina 和 DiffDock 分析 PD-L1 与 BMS-202。

先判断任务是否完成

任务运行时，回复会持续增加分析过程和工具记录，输入区附近可能显示“停止响应”。不要根据某一次工具返回判断整个任务已经结束。

可以结合以下信息判断状态：

页面信息	含义
执行中	当前工具仍在检索或计算
已执行	该工具调用已经结束，整个任务可能仍在继续
完成	展开的单个工具已经返回结果
已确认	该 MCP 工具调用已经经过确认
已同意	当时展示的工具执行请求已经获得用户同意
停止响应仍然可见	智能体通常仍在生成或执行任务
出现完整回答和回答操作栏	当前一轮回答已经生成完毕

一个工具失败不一定代表整个任务失败。本例中 Slurm、文件路径和格式处理曾出现问题，智能体调整方案后仍完成了 Vina、DiffDock 和 PLIP 分析。应继续检查后续是否出现成功结果及最终总结。

展开或收起分析过程

“分析过程 · N 个工具”是一组可展开区域。N 表示该阶段包含的工具数量，不是结果质量评分。

选择分析过程标题可以展开或收起整组内容。展开后通常会看到：

• 深度思考：当前阶段的分析方向或下一步计划。
• 分析结果：工具执行前后的阶段性判断。
• 工具记录：网络检索、文件操作、沙箱命令或专业计算工具。
• 数量标记：例如 ×2、×4，表示同一位置合并了多次同类操作。

收起分析过程只会改变页面显示，不会终止正在运行的任务。

查看深度思考

“深度思考”本身也可以展开或收起。摘要适合快速确认智能体是否仍围绕正确的研究对象和目标工作；需要排查路径、格式或参数问题时，再展开阅读完整内容。

不要把深度思考中的计划当作已经执行的结果。例如“将运行 DiffDock”只表示下一步计划，只有后续出现相应工具记录和返回状态，才能确认工具是否真正运行。

查看成组工具记录

带有 ×N 的工具记录可以继续展开。展开后会显示这一组中的每次调用及其完成状态。

本例中选择“沙箱执行 Shell ×2”后，可以看到两次具体命令记录及各自的“完成”状态。查看成组记录适合以下情况：

• 确认智能体是否重试了同一个步骤。
• 判断失败后是否调整了参数或文件格式。
• 检查同一组操作是否全部完成。
• 追踪某个结果文件由哪一步生成。

命令、日志和临时文件路径属于排查信息。普通用户不需要逐行解释所有命令，重点检查输入对象、工具名称、状态和输出文件是否符合任务要求。

查看 MCP 工具调用

标记为 MCP 的记录表示智能体调用了平台连接的专业工具。选择工具记录可以展开本次调用的概要。

本例展开后显示：

• 工具名称：DiffDock 蛋白-配体对接。
• 输入文件：/ai_files/bms202.sdf。
• 执行状态：完成。
• 工具产生的结果文件下载区。

工具名称相同并不代表参数相同。任务发生重试时，应展开对应记录，检查它使用的是文件路径、SMILES、数据库名称还是其他输入。

查看需要确认的工具参数

部分工具在执行前需要用户确认。历史记录中的“已同意”可以展开，查看当时提交给工具的参数。

本例的 DiffDock 确认记录显示：

参数	示例值	作用
ligand	/ai_files/bms202.sdf	配体输入文件
num_poses	10	请求生成的候选构象数量
protein_path	/ai_files/pdl1_5ius_chainC.pdb	受体结构文件

任务运行中出现确认请求时，先检查：

• 工具是否符合当前任务。
• 受体、配体、序列或结构文件是否对应正确。
• 关键数量、范围和计算参数是否符合预期。
• 该操作是否会产生较高积分消耗或启动长时间计算。

不确定时不要直接同意，可以先要求智能体解释参数或调整方案。

打开数据库编号详情

回答中的部分数据库编号具有交互能力。例如选择蓝色的 PDB 编号 5IUS 或 5J89，页面会打开结构详情。

结构详情中可以检查：

• 结构名称和来源数据库。
• 物种与 Taxonomy ID。
• 结构解析方法。
• 序列长度和基因名称。
• 关联的 UniProt 条目。
• “查看完整页面”入口。

详情中的复制按钮可以复制数据库编号。关闭详情后仍停留在当前对话，不会丢失分析位置。

先核对编号再采用结论

同一蛋白可能具有多个结构条目、不同链和不同复合物状态。本例中 5IUS 是 PD-1/PD-L1 复合物，而回答建议进一步参考含 BMS-202 的 5J89。不能只根据蛋白名称认定两个结构等价。

查看工具返回的文件

工具生成文件时，记录下方会出现“结果文件下载”区域。

可以执行以下操作：

• 选择文件名或预览图标，尝试在线查看。
• 选择右侧“下载”，保存原始结果文件。
• 根据扩展名判断文件用途，例如 SDF 通常用于保存小分子结构或构象。

并非所有格式都支持在线预览。本例选择 SDF 的预览按钮时，页面提示“该文件暂不支持在线预览，请点击右侧下载”。这不代表文件生成失败；下载后可以使用支持相应格式的软件检查。

下载后建议核对：

• 文件名和扩展名是否与回答说明一致。
• 文件大小是否明显异常，例如空文件或只有少量字节。
• 文件内容是否对应正确的受体、配体或候选构象。
• 最终报告中的参数是否能与结果文件对应。

使用会话文件面板

选择对话标题右上角的文件图标，可以打开“会话文件”面板，集中查看当前对话中的文件。

面板提供以下分类：

分类	显示内容
全部文件	当前会话中的所有文件
用户上传	用户添加到问题中的附件
AI 生成	智能体生成或写入的文件
工具返回	专业工具返回的结果文件

每个文件会显示名称、大小和生成时间。文件右侧提供查看和下载操作；是否能够在线查看取决于文件格式。面板底部显示当前分类的文件总数。

会话文件可能包含临时文件、中间文件和最终文件。优先根据最终回答中的“输出文件”说明选择结果，不要只按生成时间判断哪个文件最重要。

阅读最终回答

最终回答通常位于全部分析过程之后。本例将结果组织为背景信息、Vina 结果、DiffDock 结果、方法对比、关键结论和输出文件。

阅读计算任务结果时，建议依次检查：

1. 输入是否正确：受体、配体、链、物种和结构编号是否符合原问题。
2. 方法是否适用：工具是否适合该任务，计算前提是否成立。
3. 参数是否完整：网格中心、尺寸、构象数量和其他关键参数是否明确。
4. 不同工具是否可直接比较：Vina 结合能与 DiffDock 置信度是不同指标，不能直接按数值大小比较。
5. 结论是否承认限制：本例明确说明单体 PD-L1 不具备 BMS-202 天然结合所需的二聚口袋。
6. 文件是否可追溯：最终回答中的输出文件应能在会话文件面板或工具记录中找到。

最终回答中的蓝色输出文件名称可以点击打开对应文件查看地址。根据浏览器和文件格式，页面可能直接显示内容，也可能触发下载。

将蛋白质序列转入湿实验验证

智能体对话中出现可识别的蛋白质序列时，页面右下角会显示“湿实验验证”按钮，并标记当前已捕获的序列数量。

1. 选择“湿实验验证”，打开右侧“湿实验序列”面板。
2. 检查系统自动提取的蛋白质名称和序列内容。
3. 勾选需要验证的蛋白质序列；不需要的序列可以取消勾选或删除。
4. 选择面板底部的“去下单”，跳转至湿实验服务模块。

面板只会自动载入当前对话中识别到的序列。下单前应核对序列是否完整、名称是否便于区分，以及所选序列是否为准备开展实验的最终版本。AI 设计或预测的序列不保证一定能够成功表达、稳定存在或达到预期性能，实验结果以实际订单和交付数据为准。

进入湿实验服务后，根据验证目标选择基因合成、蛋白表达、蛋白纯化、抗体服务或更多服务，再继续填写实验参数、交付要求和订单信息。

进入下单页面不等于订单已提交

从对话转入湿实验服务只会带入已选择的序列并进入后续下单流程。提交前仍需选择合适的服务类型、补充必填信息并核对报价与订单内容。

区分过程信息、预测与证据

内容类型	示例	应如何使用
工具执行过程	文件转换、沙箱命令、重试记录	用于追踪方法和排查问题
计算输出	Vina 分数、DiffDock 置信度、预测构象	作为候选比较或后续验证依据
数据库事实	PDB 编号、物种、结构方法	回到对应数据库详情复核
智能体解释	对结合位置和方法差异的总结	检查是否被工具输出和资料支持
实验结论	SPR、ITC 或功能实验结果	需要真实实验数据支持，不能由对接结果替代

本例中的 Vina -6.262 kcal/mol 和 DiffDock -1.807 都是计算结果，不是实验测得的结合亲和力。回答中的限制说明和验证建议是判断结果是否可用的重要组成部分。

使用回答操作栏

最终回答末尾提供一组消息操作。

从左到右包括：

操作	用途	注意事项
复制	复制当前完整回答	下载文件不会随正文一起复制
重试	重新生成当前回答	可能重新调用工具、产生新的结果和积分消耗
赞	标记回答有帮助	用于反馈结果质量
踩	标记回答存在问题	可结合“反馈问题”补充原因
导出	导出当前回答	当前提供 PDF 和 DOCX
反馈问题	提交具体问题反馈	建议说明错误位置、预期结果和复现条件

重试不等于继续追问。需要保留现有结果并增加条件时，应在下方输入区继续追问；只有希望重新生成当前轮回答时才使用“重试”。

分享当前会话

选择对话标题右上角的分享图标，可以打开分享菜单。

• 快速分享：创建或进入快速分享流程。
• 分享管理：查看和管理当前会话已有的分享设置。

分享前检查问题、回答、附件名称和结果文件中是否包含未公开的序列、结构、实验数据或项目名称。分享链接的访问范围和关闭方式应以分享流程中的当前设置为准。

继续追问和修正

最终回答下方保留问题输入区，可以在当前上下文中继续追问。例如：

请只比较 AutoDock Vina 和 DiffDock 已成功返回的构象，列出对应输入文件、参数、输出文件和失败重试，不要把两种评分换算为同一尺度。

或者：

基于当前结果，改用包含 BMS-202 二聚结合口袋的 PDB 5J89 设计下一轮对接方案。执行前先列出受体链选择、配体处理和验证标准，等待我确认后再运行。

继续追问适合：

• 补充筛选条件或证据要求。
• 要求解释某个评分、参数或失败原因。
• 排除无关工具输出。
• 对比多个方法的适用范围。
• 规划下一步计算或实验，但暂不执行。

输入区仍可添加附件和选择运行方式。页面右侧的向上、向下按钮可以在较长对话中快速移动到顶部或底部。

结果异常时

现象	建议处理
分析过程停在“执行中”	等待片刻并检查网络；不要重复发送相同问题
某个工具失败	展开该工具和后续记录，确认是否已经更换参数或重试
工具显示完成但没有最终回答	继续等待汇总；长任务可能在工具完成后仍需整理结果
返回文件无法预览	使用下载操作，并用支持该格式的软件检查
结果文件大小异常	检查对应工具日志，必要时要求重新生成该文件
最终结论与工具输出不一致	指出具体数值或文件，要求智能体重新核对并引用来源
评分缺少解释	要求说明评分方向、量纲、适用范围和判断阈值
需要重新执行	先确认输入和参数，再决定继续追问还是使用“重试”

执行新的计算前

展开记录、查看文件和复制回答不会重新运行任务；“重试”、新的追问或新的工具确认可能启动计算并产生积分消耗。操作前应检查当前结果是否已经满足需求。