输入问题与上传文件
智能体根据问题、附件和当前对话上下文执行任务。提交前应明确研究对象、任务目标和结果要求；需要使用自己的数据时，还要在问题中说明每个附件的用途。
写出一个可执行的问题
一个完整的问题通常包含以下内容：
例如：
请检索所有已知可与 CXCL12 发生高亲和力结合的人类受体蛋白，汇总其 UniProt 编号、亚细胞定位、组织表达、下游信号通路和疾病关联。请用表格整理，并区分实验验证与预测信息。
| 组成部分 | 示例中的内容 |
|---|---|
| 研究对象 | CXCL12 的受体蛋白 |
| 任务目标 | 检索并汇总已知受体 |
| 范围与限制 | 人类、高亲和力结合 |
| 返回内容 | UniProt、定位、表达、通路和疾病关联 |
| 输出形式 | 表格 |
| 证据要求 | 区分实验验证与预测信息 |
如果某一项暂时无法确定，可以明确要求智能体先列出需要补充的信息，不要让它直接假设关键实验条件。
把模糊要求改成明确任务
| 不够明确 | 推荐写法 |
|---|---|
| 帮我查一下 CXCL12 | 查询人类 CXCL12 的 UniProt 编号、主要功能、亚细胞定位及已知受体，并为每类信息注明来源 |
| 帮我改造这个蛋白 | 使用附件中的蛋白序列提出提高可溶性的突变方案，避开已知活性位点，并说明每个建议的依据和风险 |
| 分析这个结构 | 分析附件 PDB 结构中的结合口袋、关键相互作用残基和结构缺失，并将结果按链整理 |
| 帮我找几个候选蛋白 | 在嗜热菌来源的蛋白中筛选候选淀粉酶，要求最适温度高于 80°C，并按证据充分程度排序 |
问题中尽量使用标准名称或数据库编号。同名蛋白较多时，应补充物种、UniProt 编号或 PDB ID；涉及序列和结构时，优先提供对应附件。
选择任务分类和运行方式
工作台中的蛋白查询、蛋白改造、蛋白发现、蛋白生成、蛋白对接和蛋白性质用于筛选示例问题。分类不会限制智能体只能执行某一类工具，也不能替代问题中的具体条件。
提交前检查输入区显示的运行方式：
- 目标和范围已经明确时，可以先使用“极速”。
- 需要多步检索或综合多类资料时，可以根据页面提供的选项选择更深入的处理方式。
- 不同运行方式的耗时和积分消耗可能不同，以提交时页面显示为准。
如果执行前出现工具确认提示，应先检查提示涉及的输入和范围，再选择批准、修改、拒绝或回复；是否出现提示以当前界面为准。
添加附件
需要分析序列、结构、表格或资料文件时：
- 选择问题输入区左下角的附件按钮。
- 在系统文件选择器中选择需要添加的文件。
- 返回工作台，确认输入区已经显示正确的文件名。
- 在问题中说明文件包含什么，以及希望智能体如何使用。
- 检查问题、附件和运行方式后再发送。
系统文件选择器的外观会随操作系统和浏览器变化，本手册不单独展示。
可用格式和大小限制
上传控件允许的格式、文件数量和大小限制可能随平台版本与任务能力调整。选择文件时应以当前页面提示为准。
在问题中说明附件用途
只上传文件而不说明任务，智能体无法可靠判断分析对象和目标。单个附件可以这样描述：
使用附件
candidate.fasta中的蛋白序列预测可溶性，标出可能导致聚集的区域，并给出可用于后续表达验证的候选排序。
上传多个文件时，逐一说明用途：
将
receptor.pdb作为受体结构，将ligand.sdf作为配体。先检查结构完整性和配体格式，再分析可能的结合口袋；发现缺失原子或无法确定质子化状态时，先向我确认。
建议在问题中明确：
- 哪个附件是主要输入。
- 每个文件对应的研究对象和角色。
- 需要分析的链、序列记录、表格列或页面范围。
- 是否允许格式转换、结构修复或数据清洗。
- 发现输入异常时应停止任务还是继续使用合理假设。
发送前检查
发送问题前，确认：
- 研究对象、物种和数据库编号没有混淆。
- 任务目标可以用一句话准确复述。
- 关键限制条件已经写入问题，而不是只存在于文件名中。
- 所需附件均已显示，文件名和版本正确。
- 多个附件的用途已经逐一说明。
- 返回字段、输出格式和证据要求已经明确。
- 当前运行方式符合任务深度和积分预算。
上传内部数据前
请确认序列、结构、实验数据和文献附件的使用权限。不要在问题或附件中包含账户密码、访问令牌或其他与研究任务无关的敏感信息。首次使用附件功能时，建议先使用公开数据测试流程。
输入问题排查
| 现象 | 建议处理 |
|---|---|
| 返回的蛋白不是目标物种 | 在问题中补充物种和数据库编号 |
| 结果范围过大 | 增加来源、功能、结构、证据等级或候选数量限制 |
| 智能体没有使用附件 | 明确写出文件名、文件用途和需要执行的分析 |
| 多个文件的结果混在一起 | 为每个文件指定角色，并要求分别输出结果 |
| 文件无法选择或上传 | 检查页面提示、扩展名、文件大小和网络状态 |
| 上传了错误文件 | 发送前从输入区移除并重新选择；已经发送时应新建或更正当前任务 |
| 缺少数据来源 | 要求列出数据库记录、文献标识或工具名称，并区分直接证据与预测 |
问题发送后，可以在当前对话中继续补充条件。如何判断任务状态、查看工具调用和阅读最终回答，请参阅查看分析过程与结果。