功能域与能力说明
智能体工作台围绕蛋白查询、蛋白改造、蛋白发现、蛋白生成、蛋白对接和蛋白性质六类任务，结合公开数据库、模型和计算软件完成检索、分析或候选设计。本页用于帮助你判断任务应归入哪个方向，以及可以在问题中要求哪些资料或分析结果。
使用边界
表中列出的名称用于说明平台可能涉及的资料来源和计算能力，不表示每次任务都会调用全部资源。实际可用能力、输入要求、运行时间和结果以提交时页面提示为准；计算预测、数据库记录和文献整理均不等同于实验结论。
总览
| 功能域 | 核心检索域 | 涉及的数据库 | 涉及的模型 | 涉及的软件 |
|---|---|---|---|---|
| 蛋白查询 | 蛋白序列/注释、结构、化合物、动力学、文献、监管数据 | UniProt、NCBI、PDB/PDBe、ChEMBL、PubChem、SABIO-RK、PubMed、OpenFDA | — | — |
| 蛋白改造 | 序列 redesign、突变优化、人源化、能量优化 | IMGT 人源胚系参考库 | ProteinMPNN、VenusPrime/VenusRem（自研）、自然度评分模型 | Rosetta、GROMACS、ESMFold/Chai1（回折验证） |
| 蛋白发现 | 同源搜索、序列比对、候选挖掘 | NCBI 序列库、RCSB PDB、UniProt | VenusMine（自研） | NCBI BLAST、EMBOSS、SeqKit、Clustal Omega/MUSCLE |
| 蛋白生成 | 骨架生成、序列设计、抗体/纳米抗体从头设计 | — | RFDiffusion、RFantibody、mBER VHH、ProteinMPNN、VenusG/VenusX（自研） | ESMFold/AlphaFold 2/Chai1/Protenix（折叠验证） |
| 蛋白对接 | 受体-配体/蛋白-蛋白对接、口袋预测、相互作用分析 | PubChem、ChEMBL（配体来源） | — | AutoDock Vina、AutoDock4、HDOCK、ZDOCK、ADCP、ALDE、PLIP、MGLTools、OpenBabel、PyMOL |
| 蛋白性质 | 理化性质、二级结构、功能注释、互作网络、pKa | STRING、GO、KEGG、UniProt | PSIPRED | DSSP、PROPKA、蛋白性质计算、GROMACS |
蛋白查询
适合查询已知蛋白或化合物的基础资料，并将来自多个来源的信息整理为可核对的结果。
| 可获得的信息 | 代表性资料来源 |
|---|---|
| 序列、功能注释、标准名称和 ID 映射 | UniProt、NCBI |
| 三维结构与结构条目 | PDB、RCSB PDB、PDBe |
| 化合物、SMILES 和活性数据 | ChEMBL、PubChem |
| 酶动力学参数及实验条件 | SABIO-RK |
| 论文、综述和生物医学文献 | PubMed |
| 药物不良事件与监管信息 | OpenFDA |
提问时尽量提供物种、UniProt 编号、PDB ID、化合物名称或 SMILES，并要求区分直接实验、数据库注释与推测信息。
蛋白改造
适合围绕活性、稳定性、可溶性、亲和力或人源化目标提出突变与序列优化候选。
| 分析方向 | 代表性能力 |
|---|---|
| 骨架引导的序列设计、回环修复与突变优化 | ProteinMPNN |
| 平台改造与优化管线 | VenusPrime、VenusRem |
| 抗体人源化与胚系参考 | IMGT 参考体系、人源化分析 |
| 候选的自然度筛选 | 自然度评分模型 |
| 能量评估、构象采样和侧链优化 | Rosetta |
| 能量最小化和分子动力学稳定性评估 | GROMACS |
| 改造后结构的回折验证 | ESMFold、AlphaFold 2、Chai1、Protenix |
建议提供原始序列或结构、已知功能/结合位点、不可改变的残基、目标性质和实验约束。候选突变应进一步通过表达、活性和稳定性实验验证。
蛋白发现
适合从公开序列和结构资料中寻找候选蛋白，并根据同源性、保守性或预设条件进行筛选与排序。
| 分析方向 | 代表性资料或工具 |
|---|---|
| 同源搜索与候选确认 | NCBI BLAST、NCBI 序列库、UniProt |
| 结构序列比对与模板发现 | RCSB PDB 序列比对 |
| 候选挖掘 | VenusMine |
| 多序列比对与保守性分析 | EMBOSS、Clustal Omega、MUSCLE |
| 序列质控、过滤、去重和提取 | SeqKit |
提问时说明目标功能、物种或来源范围、阈值（如 E 值或覆盖度）、候选数量，以及用于排序的证据标准。
蛋白生成
适合从头生成蛋白骨架或序列，并设计抗体、纳米抗体等候选分子。生成结果通常需要折叠预测、结构检查与后续实验共同筛选。
| 分析方向 | 代表性模型或能力 |
|---|---|
| 扩散模型骨架生成与采样 | RFDiffusion |
| 抗体设计 | RFantibody |
| 纳米抗体从头设计 | mBER VHH |
| 约束引导的序列生成 | ProteinMPNN |
| 平台蛋白生成与设计 | VenusG、VenusX |
| 结构预测与置信度评估 | ESMFold、AlphaFold 2、Chai1、Protenix |
建议明确目标靶点或结构约束、期望功能、允许的序列/结构范围、候选数量，以及希望使用的验证与筛选标准。
蛋白对接
适合分析受体与小分子、多肽或蛋白的潜在结合方式，开展口袋预测、构象生成和相互作用检查。
| 分析方向 | 代表性资料或工具 |
|---|---|
| 配体检索与获取 | PubChem、ChEMBL |
| 小分子—蛋白对接与打分 | AutoDock Vina、AutoDock4 |
| 蛋白—蛋白对接 | HDOCK、ZDOCK |
| 其他对接引擎 | ADCP、ALDE |
| 口袋预测与结合盒框定 | ProteinPlus、PyMOL |
| 受体/配体准备与格式处理 | MGLTools、OpenBabel |
| 氢键、盐桥和 π–π 相互作用分析 | PLIP |
| 对接结果可视化 | PyMOL |
提交时应分别说明受体、配体和 pocket_file 的用途，并提供链、关键残基、参考配体或口袋范围。具体写法参阅输入问题与上传文件。
蛋白性质
适合计算或整理蛋白的理化性质、结构特征、功能注释、通路和相互作用网络。
| 分析方向 | 代表性资料或工具 |
|---|---|
| 分子量、等电点、消光系数、氨基酸组成和疏水性 | 蛋白性质计算 |
| pKa 计算 | PROPKA |
| 二级结构、溶剂可及表面积和氢键网络 | DSSP |
| 二级结构预测 | PSIPRED |
| 蛋白互作网络与通路富集 | STRING |
| 功能注释与通路富集 | GO、KEGG、UniProt |
| 稳定性评估和分子动力学轨迹分析 | GROMACS |
| 生成或改造序列的质量筛选 | 自然度评分模型 |
建议提供序列或结构、所关注的性质、实验条件（如 pH、温度或离子强度）以及希望返回的指标或图表。
提问建议
无论选择哪个功能域，优先说明研究对象、任务目标、已有数据、限制条件、输出格式和证据要求；不确定具体工具时，可以直接描述希望完成的科研问题。如何组织问题、上传文件和确认对接输入，参阅输入问题与上传文件。